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AI模型助力構(gòu)建玉米骨干自交系突變體庫
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本報(bào)電(記者周姝蕓)近日,中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所作物基因組選擇技術(shù)與應(yīng)用創(chuàng)新團(tuán)隊(duì),聯(lián)合國內(nèi)外科研團(tuán)隊(duì)完成了我國玉米骨干自交系“昌7-2”的高質(zhì)量基因組圖譜,構(gòu)建了超過250萬個(gè)化學(xué)誘變位點(diǎn)的突變庫,并完成了系統(tǒng)性功能注釋。
“昌7-2”是我國玉米雜交育種中重要的父本材料,具有配合力強(qiáng)、抗旱耐瘠薄、廣適等特性,是解析玉米雜種優(yōu)勢(shì)和農(nóng)藝性狀遺傳基礎(chǔ)的理想材料。構(gòu)建“昌7-2”的突變體庫資源,有利于深入挖掘和利用其優(yōu)良基因。
科研團(tuán)隊(duì)成功組裝了“昌7-2”的高質(zhì)量基因組,并對(duì)創(chuàng)制的1716個(gè)化學(xué)誘變株系進(jìn)行了全基因組測(cè)序,構(gòu)建了包含250萬個(gè)突變位點(diǎn)的大規(guī)模突變體庫。隨后,科研團(tuán)隊(duì)創(chuàng)新性地引入蛋白質(zhì)語言模型與DNA語言模型兩種大型AI模型,對(duì)該突變體庫中全部突變進(jìn)行功能預(yù)測(cè),成功篩選出4個(gè)調(diào)控玉米重要農(nóng)藝性狀的關(guān)鍵基因,并驗(yàn)證了該策略的高效性與準(zhǔn)確性。此外,科研人員發(fā)現(xiàn)部分同義突變可能影響基因的轉(zhuǎn)錄水平。
該研究為理解突變功能提供了新視角,為玉米功能基因挖掘與育種提供了遺傳資源和數(shù)據(jù)平臺(tái)。
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